Se existir uma boa correlação entre o PVR e a obstrução anatómica (avaliada por angiografia pulmonar), deve ser proposta endarterectomia pulmonar (PEA). De facto a PEA é o tratamento de escolha sempre que possível já que pode repor a função cardio-respiratória perto do normal. Noutros casos, os tratamentos vasodilatadores e antiproliferativos, e o transplante pulmonar ou cardiopulmonar representam tratamentos alternativos. Contudo, são necessários outros ensaios aleatórios para determinar a eficácia das terapias médicas para alguns doentes: 1) os com CTEPH inoperável por lesões distais, 2) antes de PEA (ponte terapêutica) em doentes considerados de ''alto risco'' devido a hemodinâmica extremamente fraca, e 3) em doentes com hipertensão pulmonar persistente depois da cirurgia. De facto, vários agentes terapêuticos têm sido avaliados incluindo bosentano, sildenafil, iloprost, treprostinil e epoprostenol, na CTEEPH, mas nenhum deles está aprovado para o tratamento da CTEPH.